مواد و ابزارهایی که در یک آزمایشگاه میکروبیولوژی برای آزمایش های عمومی و مقدماتی وجود دارند عبارتند از:

1)      مواد شیمیایی: شامل انواع نمک های غیرآلی و آلی، حلال­ های مختلف، محلول های معرف ها و رنگ ها، روغن ها و مواردی از این نوع می باشد.

2)      محیط های کشت: شامل پودر انواعی از محیط های کشت بوده که برای رشد دادن گروه ها میکروبی استفاده می شوند مانند نوترینت آگار، نوترینت براث، لاکتوز براث و غیره

3)      شیشه آلات (glassware): شامل انواعی از وسایل شیشه ای که در برخی آزمایشگاه های دیگر و به ویژه در آزمایشگاه شیمی استفاده می شود از جمله انواع پیپت ها، ارلن مایر، بالن ژوژه، استوانه مدرج (مزور)، قیف شیشه ای، ظروف شیشه ای درپیچ دار، انواع لوله های آزمایش. همچنین برخی ابزارهای شیشه ای مخصوص استفاده در آزمایشگاه میکروبیولوژی هستند مثل ظروف پتری (Petri dishes) یا همان پلیت های شیشه ای.

4)      ابزارهای انتقال کشت: وسایلی هستند که برای انتقال دادن کشت های میکروبی از محیط قدیمی به محیط جدید از آن ها استفاده می شود مانند لوپ سیمی (فیلدوپلاتین)، نیدل (آنس)، پیپت مدرج، پیپت پاستور، سمپلر و سرسمپلر

5)      وسایل متفرقه: وسایلی مثل جالوله ای، پوآر (مکنده لاستیکی)، پوآر شارژی، شعله و کپسول گاز (درصورت نیاز) و غیره

6)      وسایل و تجهیزات تخصصی میکروبیولوژی: میکروسکوپ بیولوژی، اتوکلاو، فور (آون)، هود لامینار، کلنی کانتر، انکوباتور، شیکر، انکوباتور شیکردار، ورتکس، اسپکتروفتومتر، سانتریفیوژ، جار بی هوازی و غیره